その後に行った国土交通省の立入検査と、精査の過程で、過去における測定結果の書き換えなどの新たな不正が判明し、スズキに対して把握内容を整理して報告するよう求めていた。

スズキは四輪車の新たなデータが見つかり、トレースエラーの件数が増えることや、四輪車のトレースエラーの原因について完成検査員から業務量過多が原因との証言があった。また、四輪車の測定結果の書き換え、二輪車の新たなデータが見つかり、トレースエラーが2件あることも分かった。

国土交通省では、スズキに対し、万全の調査態勢を構築した上で、燃費と排出ガスの抜取検査に関し徹底調査をするとともに、他に完成検査に関して不正が無いかを徹底調査し、その結果に基づき再発防止を策定した上で、報告するよう自動車局長名で指示した。